Nato a Bolzano il 10 aprile 1961 frequentò il liceo dei Francescani di Bolzano, e dopo il diploma nel 1980 si iscrisse ad alcune scuole di teologia dapprima a Londra, poi nei Paesi Bassi.

A ventitré anni Michael entrò nel seminario gesuita di Cochabamba, in Bolivia, ma lo abbandonò per iscriversi alla facoltà di sociologia dell’università di La Paz. Nello stesso periodo si impegnò politicamente e socialmente in favore degli strati più sfruttati del popolo boliviano fino a scegliere di aderire alla lotta armata, nelle file della Comision Nestor Paz Zamora, legata all’Esercito di Liberazione Nazionale, dove era conosciuto come Comandante Miguel.

L’11 giugno 1990 il gruppo comandato da Nothdurfter rapì il presidente della locale sede della Coca-Cola, Jorge Lonsdale, chiedendo per il rilascio un riscatto da 500.000 dollari americani. Sei mesi più tardi, il 5 dicembre, le forze speciali boliviane, nel tentativo di liberare l’ostaggio dall’appartamento di La Paz dov’era tenuto segregato, uccisero Nothdurfter e due suoi compagni, ed anche Lonsdale perse la vita (secondo la versione ufficiale, ucciso dai guerriglieri, ma secondo approfondimenti successivi rimasto ucciso nella sparatoria dai poliziotti boliviani).

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