Il Cantone Grigioni aveva aderito nel 1497-98 alla Confederazione Svizzera e il 27 giugno 1512, con il Giuramento di Teglio, aveva inglobato la Valtellina e le valli a sud delle Alpi.
Tuttavia, con l'avvento della Riforma di tipo zwingliano dal 1524 in avanti, le cose si erano complicate per la convivenza di una maggioranza protestante nei Grigioni ed una maggioranza cattolica in Valtellina. La situazione era stata aggiustata con la Dieta di Ilanz del 7 gennaio 1526 nella quale era stata data a ciascun fedele il diritto di scegliere la propria confessione tra cattolica e protestante (la fede anabattista era stata bandita).
Oltre a questo, va anche considerato che il fattore della lingua italiana, usata nelle sei valli a sud delle Alpi del cantone (Bregaglia, Poschiavo, Mesolcina, Bormio, Chiavenna e Valtellina) favorì l'azione di esuli riformati italiani, i quali poterono agire come pastori locali.
Ma con l'avanzare della Controriforma, l'odio dei cattolici valtellinesi verso la minoranza protestante, fomentata dai predicatori francescani e domenicani, inviati dall'arcivescovo di Milano cardinale San Carlo Borromeo (1538-1584), e dagli Asburgo (che cercavano di provocare la secessione della Valtellina dai Grigioni per avere un corridoio di collegamento tra i propri possedimenti), arrivò a livelli di elevata intolleranza, nonostante i richiami alla pacifica convivenza lanciati dai pastori Ulisse Martinengo e Scipione Calandrini (e proprio per questo motivo i cattolici, sobillati dall'arciprete di Sondrio Nicolò Rusca, per ben due volte, cercarono di uccidere quest'ultimo).
L'episodio più significativo, ispirato da Papa Pio V (1566-1572), ex Inquisitore di Morbegno, fu il rapimento da parte dei domenicani del pastore della chiesa riformata di Morbegno, l'ex frate minorita Francesco Cellario, di ritorno da un sinodo di pastori tenuto a Coira. Cellario fu portato in catene a Roma e, dopo un lungo interrogatorio per farlo abiurare, impiccato e bruciato sul rogo a Ponte Sant'Angelo il 25 maggio 1569.
Il Sacro Macello
Ma questo non fu niente in confronto alla rivolta dei cattolici contro i protestanti della Valtellina del 1620, che sfociò in uno spaventoso pogrom, chiamato dal celebre storico Cesare Cantù (1804-1895), il Sacro Macello della Valtellina.
Il fomentatore principale fu il fanatico arciprete di Sondrio Nicolò Rusca, vero agitatore delle folle cattoliche e sprezzante delle leggi che cercavano di mantenere un pur delicato equilibrio tra le due comunità. Egli fu arrestato e processato a Thusis nel 1618 per il tentato omicidio, sopraccitato, di Scipione Calandrini, ma purtroppo morì per le atroci torture dell'interrogatorio. Nello stesso processo furono condannati, ma si rifugiarono all'estero, gli esecutori materiali dell’omicidio, i fratelli Rodolfo e Pompeo Planta e il genero di Rodolfo, Giacomo Robustelli.
Quest'ultimo, una volta rientrato due anni dopo, organizzò l'atroce vendetta contro i protestanti locali: nella notte tra il 18 ed il 19 luglio 1620, i congiurati trucidarono quasi tutti i protestanti di Tirano. Passarono quindi a Teglio, dove fu compiuta una strage (72 persone) direttamente nella chiesa evangelica: 17 tra uomini, donne e bambini, rifugiatisi nel campanile, bruciarono vivi per il fuoco acceso dai fanatici cattolici. Terza tappa Sondrio, dove solo un gruppo di 70 riformati con le armi in pugno poté, grazie ad una tregua, rifugiarsi in Engadina: tutti gli altri (anche di nobili famiglie) furono trucidati. In tutto si calcola che furono sterminati circa 600 persone.
Questo episodio, assieme alla rivolta antiasburgica della Boemia, portò allo scoppio della Guerra dei Trent'anni (1618-1648) e alla fine del primo periodo della guerra, nel 1639, la Valtellina venne riconsegnata al Cantone Grigioni (che lo tenne fino all'annessione alla Repubblica Cisalpina del 1797), a condizione di accettarvi solo la religione cattolica.
